Основним завданням фітосанітарів є: реалізація державної політики у сфері карантину та захисту рослин, здійснення фітосанітарних заходів, охорона територій від заселення та поширення регульованих шкідливих організмів, виявлення і запобігання проникненню їх на територію України, проведення локалізаційних та ліквідаційних заходів.